Kauran toksiinit eli erilaiset homeet ovat lisänneet kauranviljelyn haastetta. Tautitorjunnalla parannetaan kasvuston kestävyyttä tauteja vastaan. Torjunnan ajoitus on tarkkaa parhaimman tehon saavuttamiseksi. Kasvuaste 64 - 65 vastaa sitä kauran kukinnan vaihetta, jolloin torjunta pitäisi tehdä. Ajoitus ei ole helppoa, koska kasvusto voi esimerkiksi olla eri kasvuvaiheessa eri puolilla peltoa.
Luken Veli Hietamiehen mukaan yleisiä syitä toksiinien taustalla ovat olleet myös puutteet siemen laadussa ja yksipuolinen viljely. Vaikuttaa myös siltä, että minimipanostus viljelyyn, jossa kasvin tarpeet jäävät hieman uupumaan, heikentää kauran kykyä vastustaa toksiineja.
Kasvinjalostaja Leena Pietilä on sanonut, ettei kauroilta ole vielä löydetty lajikekestävyyttä toksiineja vastaan. Yleensä myöhäisemmät ja rehevämmät lajikkeet altistuvat sääoloille, joissa toksiinit pääsevät lisääntymään. Suurijyväisten lajikkeiden kypsymistä joudutaan siis odottamaan pidempään.
Fusariumhomeet ovat yleensä pesäkkeinä pellolla ja korostetusti tautia löytyy lakoviljasta. Tällaiset lakolohkot kannattaisi siis puida eri kauppaerään.
Raisioagron vastaanottaman kauran toksiinipitoisuuksia on seurattu jo muutaman vuoden ajan. Toksiinien ja lajikkeen välille ei voi vetää suoraa yhtäläisyyttä ( Huom. esimerkiksi Riina-lajike! ), mutta tietyn tyyppinen lajike viljellään yleensä omassa kasvurytmissään ja se vaikutaa homeiden syntymiseen. Lisäksi taustalla vaikuttavat jo mainitut; lohkon viljelyhistoria, lannoitus ja lakoisuus sekä jyväkoko.
